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O Sistema Costeiro-Marinho, em sua parte continental, é fruto da análise ponderada dos mapeamentos geológicos, geomorfológicos e de vegetação em suas classes com influência marinha e fluviomarinha; a parte marítima respeita os Grandes Ecossistemas Marinhos do Brasil, que considera os fatores batimetria, hidrografia, produtividade e interações tróficas.